Pół roku po wydarzeniach ukazanych w pierwszym filmie śmiercionośny wirus całkowicie spustoszył Wielką Brytanię. Amerykańska armia przywraca porządek i zdziesiątkowane miasta zaczynają się ponownie zaludniać, ale przyszłość świata znów staje pod znakiem zapytania, gdy w Londynie pojawia się nosiciel wirusa i epidemia wybucha na nowo.

Dręczony od jakiegoś czasu przez niewyjaśnione koszmary, Lincoln staje się niespokojny i zaczyna poddawać w wątpliwość restrykcje ograniczające ich życie. Jednak okazuje się, że nie jest przygotowany na ujawnienie prawdy, gdy jego rosnąca ciekawość doprowadza go do strasznego odkrycia, iż wszystko związane z jego istnieniem to kłamstwo, Wyspa to okrutny żart, a on, Jordan i wszyscy inni są bardziej cenni martwi, niż żywi. Mając coraz mniej czasu, Lincoln i Jordan decydują się na śmiałą ucieczkę do zewnętrznego, nieznanego świata. Kiedy są już na powierzchni poza wścibskimi oczami instytutu, ich niewinna przyjaźń zaczyna się zmieniać w coś głębszego. Lecz wobec ścigających ich nieustępliwie sił ośrodka, Lincoln i Jordan mają tylko jeden nadrzędny cel: przeżyć.